Jakob Eklund gick ut Scenskolan i Stockholm 1987 och arbetade därefter i flera år på Dramaten. Där har han medverkat i en lång rad produktioner som Vintersagan och Systrar, Bröder.
Eklunds genombrott på film kom när han spelade mot Helena Bergström i Änglagård. Han är även känd som polisen Johan Falk. Han medverkade också i den kända tv-serien Tusenbrödersäsong 2 och 3, som Petter Janovski. Bland alla de TV- och filmroller han gjort kan även Anderssons älskarinna och Om jag vänder mig om, i regi av Björn Runge, nämnas.
På teaterscenen har Eklund medverkat i bland annat monologen Abrahams barn på Stockholms stadsteater, Björn Runges succéföreställning En handelsresandes död på Göteborgs Stadsteater och Gösta Berlings saga som regisserades av Örebro Teaters konstnärliga ledare Rikard Lekander.
Under 2021 syns Jakob Eklund i ytterligare en Lekander-regisserad föreställning när han medverkar i nypremiären av Edward Albees Vem är rädd för Virginia Woolf? på Örebro Teater.